Substancje przeciwbakteryjne, w tym głównie antybiotyki, są istotnym elementem terapii i profilaktyki chorób zwierząt gospodarskich. Są stosowane w leczeniu i zapobieganiu chorób bakteryjnych występujących u zwierząt żywnościowych oraz powodujących największe straty ekonomiczne. W przeszłości niektóre antybiotyki były stosowane jako dodatki paszowe w celu poprawy efektów produkcyjnych zwierząt jako tzw. antybiotykowe stymulatory wzrostu (ASW). Problemy związane z nadmiernym i niewłaściwym stosowaniem antybiotyków doprowadziły w konsekwencji do wprowadzenia w krajach Unii Europejskiej zakazu stosowania antybiotyków jako dodatków paszowych. Pasze zanieczyszczone antybiotykami stanowią zagrożenie dla zwierząt (niektóre antybiotyki mają niski margines bezpieczeństwa dla gatunków wrażliwych lub wykazują niekorzystne interakcje z innymi lekami) oraz dla ludzi, ponieważ może to skutkować wystąpieniem pozostałości w produktach pochodzenia zwierzęcego oraz zwiększa ryzyko selekcji opornych bakterii, co stanowi bezpośrednie zagrożenie dla zdrowia ludzi i zwierząt.