Choroby grzybicze drobiu wodnego stanowią oprócz chorób wirusowych największe zagrożenie w wielkotowarowej produkcji drobiu wodnego. Bardzo często występują wspólnie z zakażeniami wirusowymi jako wtórne zakażenia. Najważniejsze zakażenia grzybicze to Aspergilloza i Candidiaza w przebiegu których śmiertelność wśród ptaków może dochodzić nawet do 80%. Obecnie w ich zwalczaniu zastosowanie znalazło wiele preparatów stosowanych nawet w obecności ptaków, ale najważniejszym elementem profilaktyki tych zakażeń jest bioasekuracja.