Wprowadzenie systemu kontroli opartego na badaniu próbek wody pochodzących z systemu pojenia zwierząt umożliwiło uszczelnienie monitoringu stosowanych w hodowli zwierząt substancji przeciwbakteryjnych. Zastosowanie takiego systemu kontroli, który pozwala na szybkie wykonanie analiz w dużej liczbie próbek w możliwie jak najkrótszym czasie, a jednocześnie takie postępowanie daje gwarancję uzyskania wiarygodnych wyników analiz. „Daktyloskopia” w kontroli substancji przeciwbakteryjnych wymagała odpowiedniego materiału do badań, za najlepszy uznano próbki wody, gdyż obecnie znaczna część leków podawana jest w formie wodnych roztworów aplikacyjnych. Podawanie leku z wodą pitną jest najłatwiejsze i w związku z tym najczęściej stosowane ze względu na możliwość jednoczesnej aplikacji całej obsadzie zwierząt, łatwość przygotowywania roztworów, możliwość szybkiej zmiany dawki lub leku, jeśli jest to konieczne, oraz względnie niskie koszty logistyczne. Można stwierdzić, że woda stanowi swojego rodzaju „odcisk palca”, który dostarcza informacji na temat stosowanych na terenie fermy antybiotyków. Prawidłowe podawanie substancji przeciwbakteryjnych z wodą do picia jest uzależnione od wielu czynników, takich jak jakośći twardość wody, rodzaj systemu pojenia, szybkość przepływu, indywidualne spożycie wody (Mihułka i wsp. 2009, Vermeulena i wsp. 2002). Mankamentem takiego postępowania jest fakt, że substancje przeciwbakteryjne podawane z wodą, po zakończeniu aplikacji i bez zastosowania oczyszczania, mogą pozostawać w systemach dozowania wody przez dość długi, często trudny do określenia czas. Przyczyną pozostawania leków w systemach dozowania jest ogólny stan tychże systemów, jakość wody oraz właściwości fizykochemiczne stosowanych leków. Wszystkie te czynniki mogą sprawiać, że dochodzi do adsorpcji substancji przeciwbakteryjnych na powierzchni rur, najczęściej odbywa się to w wyniku tworzenia trwałych kompleksów z jonami wapnia, żelaza, magnezu, które są obecne w wodzie. W nowoczesnych fermach produkcyjnych wyposażonych w systemy dozowania wody umożliwia to szybkie podanie leku zwierzętom, u których zaobserwowano wystąpienie objawów chorobowych. Jedną z konsekwencji takiego sposobu leczenia jest fakt, że zaaplikowany lek mogą pobierać również zdrowe zwierzęta. Innym problemem jest zaleganie aktywnych biologicznie substancji przeciwbakteryjnych w systemach dozujących. Po zakończeniu terapii w systemach pojenia zwierząt, które nie są regularnie czyszczone powstają warunki sprzyjające adsorbowaniu leków na wewnętrznych powierzchniach rur, które w trakcie eksploatacji pokrywają się osadami mineralnymi oraz biofilmami. W efekcie, adsorbowanie leków w systemach dozujących z jednej strony może uniemożliwiać osiąganie stężeń gwarantujących uzyskanie zamierzonych efektów terapeutycznych i w konsekwencji potęgować narastanie lekooporności bakterii.